• 西本願寺 - 京都市下京区堀川通り花屋町下る本願寺門前町にある浄土真宗本願寺派の本山。正式名称は本願寺。
• 東本願寺 - 京都市下京区烏丸通り七条上る常葉町にある真宗大谷派の本山。正式名称は真宗本廟（1987年までは「本願寺」が正式名称であった）。
  • 東本願寺 (東京都台東区) - 東京都台東区西浅草一丁目にある浄土真宗東本願寺派の本山。正式名称は浄土真宗東本願寺派本山東本願寺。お東騒動の影響によって真宗大谷派から離脱・独立した。

• 天満本願寺 - 1585年（天正12年）、豊臣秀吉との和睦によって顕如が鷺森本願寺から退去し、大坂天満（大阪市北区）に転居した。
• 鷺森本願寺 - 1581年（天正8年）、織田信長との和睦によって大坂の石山本願寺から退去した11世門主顕如が滞在し、浄土真宗の本拠となった。
• 石山本願寺 - 1497年（明応6年）、摂津国石山（大阪市中央区）に建立され、10世証如の時代、山科本願寺破却後にここが本山となった。
• 山科本願寺 - 1483年（文明15年）、8世蓮如が山科（京都市山科区）に建立した。

• 浄土宗 金峯山 本願寺（福岡市）- 天文の頃の開山と伝わる。
• 那覇本願寺（沖縄県那覇市）
• 浦添本願寺（沖縄県浦添市）
• 久米島本願寺（沖縄県島尻郡久米島町）
• 八重山本願寺（沖縄県石垣市）

出典