しかし、大作曲家ヴェルディと若きボーイトとの関係はその後、敵対的といっていいほどまでに冷却化する。ヴェルディは明らかにボーイトをライヴァル視し始めたし、ボーイトやファッチオはヴェルディその他のイタリア人作曲家を、因習に囚われた無知な者たち、と公然と批判、
リヒャルト・ワーグナーの音楽を賞揚したのである。この頃のボーイトらがミラノを中心にして行った音楽・文芸・絵画・彫刻など総合的な芸術運動は「スカピリアトゥーラ」（
Scapigliatura＝蓬髪主義）として知られている。1860年代のボーイトは先鋭的な若手詩人・評論家、ワーグナーのオペラのイタリアにおける翻訳・紹介者として有名だった。
一方でボーイトのオペラ創作意欲は止みがたく、
1868年にその最初のオペラ「メフィストフェーレ」を完成する。
ゲーテの有名な小説「ファウスト」を原作に、自ら台本も書いたこのオペラの初演は、イタリア・オペラの総本山ミラノ・
スカラ座で56回にも及ぶリハーサルの末行われた。しかしそれは、観客の口笛と怒号、劇場内外での騒擾の渦巻く惨憺たる大失敗であった。2夜目にして、警察は混乱防止の名目で上演禁止命令を出すに至る。長大な演奏時間、ボーイト自身による指揮の稚拙さ、曲そのものもワーグナーの稚拙な模倣と考えられたこと、などが原因と考えられている。このオペラは1876年と1881年の大改訂によって、今日ではしばしば公演され、また録音もされるオペラになっている。
この大失敗以降のボーイトは、楽譜出版業者ジューリオ・
リコルディの勧めもあり、他のオペラ作曲家のための台本執筆を行うようになる。
カタラーニの"La Falce"、
ポンキエッリの「ラ・ジョコンダ」"La Gioconda"（後者はTobia Gorrioなる筆名でなされた）などを経て、
1881年からは、かつての芸術上の確執を乗り越え、ヴェルディとの一連の共同作業に入ることになる。
はじめに二人が着手したのはヴェルディ中期の代表作「シモン・ボッカネグラ」の改訂であった。
1857年初演のこの作品にヴェルディ自身は深い思い入れをもっていたが、台本の複雑さなどから上演が稀な作品となってしまっていた。ボーイトはその卓越した文学上の才能により、より見通しのよい改訂版（
1881年改訂初演）の台本を完成させ、ヴェルディの全面的な信頼を勝ち得る。続いて、
シェイクスピアの原作を基盤にした「
オテロ」（
1887年）および「
ファルスタッフ」（
1893年）では、ヴェルディの老熟した作曲技法とボーイトの鋭い文学的感性が見事に一体化した。なお、この時代のヴェルディとボーイトの共同作業の様子は、公刊された往復書簡集にて垣間見ることができる。
ヴェルディはボーイトに対して、オペラ作曲活動を再開するようにとの励ましを与えていた。その言葉もあって、ボーイトは自身2番目のオペラ「ネローネ」（＝暴君ネロ）の作曲を始める。しかし完全主義者で遅筆のボーイトは遂にこれを完成させることができず、
1915年までに部分的に完成していた第1幕から第4幕に、
アントニオ・スマレーリアとヴィンチェンツォ・トマッシーニが補作を加えたものがボーイトの死後、
1924年になって、
トスカニーニの指揮により
スカラ座でようやく初演を見たのだった。
